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作者：严霞;莫玙;孔少芬;罗威;王春兰;陈细浩;钟澜;罗成龙;蔡柏林;聂庆华;
单位：广东省农业科学院动物科学研究所,广东省畜禽育种与营养研究重点实验室;猪禽种业全国重点实验室;华南农业大学动物科学学院;广东省农业动物基因组学和分子育种重点实验室,农业农村部鸡遗传育种与繁殖重点实验室;韶关市畜牧研究所;
摘要：本文旨在研究新资源罗坑鸡与其他著名广东地方品种鸡的遗传关系和挖掘罗坑鸡的特征性位点。对20个罗坑鸡血样进行DNA提取和30×全基因组重测序。同时，将这些数据与本课题组已有的5个广东鸡种（共77只）样本的数据相结合，采用系统进化树、主成分分析和祖先血缘成分分析等方法分析群体结构，采用群体分化指数分析方法挖掘罗坑鸡的特征位点。结果表明：系统进化树显示所有罗坑鸡在进化上明显聚为一类，与其他广东鸡种有明显分群；主成分分析发现罗坑鸡的遗传成分与其他广东鸡种有明显区分，但群体内的均一性较差；祖先血缘成分分析揭示罗坑鸡存在血缘混杂现象，纯血个体占比较少；群体分化指数分析发现罗坑鸡具有特异性的分化位点，可用于品种鉴定和提纯。本研究结果表明，罗坑鸡与其他5个品种在核基因组水平上有明显差异；存在血缘混杂现象；有独特的特异性位点。本研究结果将填补目前对于罗坑鸡研究的空白，并为未来罗坑鸡种质资源创新利用做了理论支撑。
关键词：罗坑鸡;全基因组重测序;系统进化树;主成分分析;血缘成分分析;群体分化指数
基金资助：韶关市科技计划项目（220610144531382）; 广东省级乡村振兴战略专项（2022-XBH-06-002、2023-XBH-06-002）; 广东省农业科学院专家工作站（2023工作站11）
