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作者：韩振志;贾立平;朱汝南;蔺晨博;傅涵浩钰;张可祥;江明礼;徐炎鹏;黄辉;邓莉;赵林清;
单位：首都儿科研究所病毒学研究室,儿童病毒病病原学北京市重点实验室;首都儿科研究所附属儿童医院感染科;
摘要：了解北京市分离的埃可病毒5型（Echovirus 5, E5）全长基因组和进化特征，为揭示其分子特征提供本底资料。收集2010年3月至2019年10月至首都儿科研究所附属儿童医院就诊临床诊断为手足口病的患儿咽拭子样本，通过荧光定量PCR方法进行肠道病毒通用（pan-EV）及肠道病毒A组71型（Enterovirus A71, EV-A71）、柯萨奇病毒A组16型（Coxsackievirus A16, CVA16）、CVA6和CVA10检测；对pan-EV核酸阳性但EV-A71、CVA16、CVA6和CVA10筛查均阴性的样本，扩增VP1编码区序列进行分型；对确定为E5阳性的样本接种人横纹肌肉瘤细胞（Rhabdomyosarcoma, RD）进行病毒分离并测序病毒全长基因组序列；应用生物信息学方法进行分子分型和进化分析。本研究共计筛查7652份咽拭子标本，EV-A71、CVA16、CVA6和CVA10阳性检出率分别为4.67%、6.73%、16.96%和2.04%，其他血清型和未定型的EV为7.48%，其中E5核酸阳性样本2份，成功分离1株（s7335株）。该株全基因组序列与E5原型株（Noyce株）相比核苷酸相似性为80.20%。VP1编码区系统进化分析提示世界范围内E5存在A-E 5个基因型，其相互间的遗传距离为17.80%～24.60%，其中C基因型划分为C1和C2两个基因亚型。s7335株属于基因型E，与中国流行的E5同属于一个独立的进化分支。CVA9(GenBank号：OL519579)是其P3编码区潜在的重组供体。本研究报道了来自于北京市的一株E5分离株，其全基因组序列与原型株比较有较大变异，有可能存在重组；VP1编码区核苷酸序列持续变异和进化，在中国存在独立的传播链。这提示加强少见EV血清型监测具有重要的前瞻性价值。
关键词：埃可病毒5型;;全基因组;;进化分析;;重组
基金资助：首都儿科研究所青年优才专项（项目号：YCYJ-2025-05）,题目：北京市儿童中多血清型肠道病毒B组的共同流行和进化机制研究;; 首都卫生发展科研专项（项目号：首发-1G-1131）,题目：建立基于准种病原体种群进化分析的儿童新发传染病监测及预警模型;; 北京市自然科学基金资助项目（项目号：L242052）,题目：脑炎/脑膜炎患者中肠道病毒病原学及疾病负担研究;; 北京市卫生健康委员会高层次公共卫生技术人才建设项目（项目号：学科带头人-02-20）,题目：儿童重症呼吸道感染病毒病原谱变迁及新发
