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作者：张帜;赵嘉欣;卢盼;焦洋;赵剑虹;刘宽宽;刘玉洁;樊茹;韩桃利;
单位：北京市房山区疾病预防控制中心;北京市朝阳区疾病预防控制中心微生物检验科;首都医科大学燕京医学院;
摘要：新型冠状病毒（Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2，简称“新冠病毒”）导致的新型冠状病毒感染（Coronavirus disease 2019,COVID-19，简称“新冠感染”）引发全球大流行，对世界人民生命安全和正常生活造成巨大影响。疫情期间，区分患者体内病毒传染性是有效控制疾病再次蔓延、节约医疗资源的关键。目前，国内主要采用荧光定量PCR对新冠病毒核酸基因组RNA(GenomicRNA,gRNA)进行检测，该检测方法尚不能区分病毒是否具有感染能力。病毒培养方法是检测新冠病毒传染性的金标准，但该方法对样本要求高，操作繁琐培养时间长，易污染，且需要在生物安全三级实验室（P3实验室）进行，不利于基层实验室大范围应用和推广。多项研究表明新冠病毒在复制过程中产生的亚基因组RNA(Subgenomic RNA, sgRNA)可作为新冠病毒传染性的良好标志物，并通过不同检测方法开展研究。与病毒培养相比，亚基因组检测方法因所需时间缩短、操作简单等，近年来备受国内外关注，在国内外各项研究中均显示出巨大潜力。本文梳理当前新冠病毒亚基因组及其检测方法的研究进展，以期为新冠病毒亚基因组检测的研究提供借鉴。
关键词：新型冠状病毒;;亚基因组;;感染性标志物;;实时荧光定量PCR
基金资助：北京市朝阳区科技计划项目（项目号：CYSF2050）,题目：三代测序技术对流行性腮腺炎样病例进行宏基因组分析及腮腺炎病毒基因变异研究;北京市朝阳区科技计划项目（项目号：CYSF2206）,题目：基于BMD-PCR技术的新冠病毒变异株快速鉴定研究;; 首都卫生发展科研专项项目（项目号：首发2022-1G-4231）,题目：基于污水流行病学监测预警新冠肺炎疫情暴发的技术和应用研究~~
