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作者：田芳桢;郑岚菱;顾天梦;田婷婷;杜珊珊;李川;王芹;谢春;李建东;
单位：贵州医科大学公共卫生与健康学院,环境污染与疾病监控教育部重点实验室;传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室,国家卫生健康委员会生物安全重点实验室,医学病毒和病毒病重点实验室,中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所;
摘要：为建立基于多重PCR的登革热病毒（Dengue virus,DENV）E基因和全基因组高通量靶向快速测序方法，本研究通过使用Primalscheme和Primerprimer5等软件进行型特异性引物方案的设计、筛选，并使用登革病毒株和临床样本对实验流程进行评估。本研究所设计的引物方案对各样品均能进行特异性扩增并获得序列；25例临床样本（Ct为13.46～35.43）和16例梯度稀释样品（Ct为23.25～NA）的测序结果显示：在Ct值达到35.97的样品中仍获得了完整E基因序列，且序列相似性为100%；当Ct值<32时，全基因组平均覆盖率可达97%以上，25例临床样本获得的一致性序列长度为6521 bp～10684 bp，基因组覆盖率范围为60.75%～99.64%，其中24份样本编码区100%覆盖；从核酸提取到数据分析整个流程耗时约8 h，直接成本约400元/样本。本研究建立了基于多重PCR的登革热病毒基因组高通量快速靶向测序方法，可用于疫情现场快速响应。
关键词：多重PCR;;纳米孔测序;;登革热;;全基因组测序
基金资助：北京市科技计划项目（项目号：Z221100007422076）,题目：北京地区呼吸道传染病病原普分析及标准化可组网检测平台应用可行性研究~~
