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作者：吴雨静;田艺博;周宇荀;肖君华;李凯;
单位：东华大学生物与医学工程学院;
摘要：本研究旨在筛选用于鸭品种鉴定的微单倍型分子标记。下载中国本土鸭品种的简化基因组测序数据，利用生物信息学技术组装微单倍型。通过多样性指标排序比较，筛选出高效能微单倍型位点并分析验证。结果表明，鸭基因组中140 bp范围之内的理论微单倍型共1 321 597个，经有效测序深度与多样性指标筛选，得到7 009个高质量微单倍型，可作为鸭品种鉴定的候选微单倍型。7 009个微单倍型的信息度In值为0.163～0.665，平均值为0.239；固定指数Fst值为0.150～0.730，平均值为0.243；有效等位基因数为1.163～7.003，平均值为2.419。利用Structure程序分析鸭品种的群体结构，当K=4时，可观察到预期的4个类群。比较分析不同数量的微单倍型和SNP，筛选出了能清晰区分鸭品种的25个微单倍型组合，鉴别效果远优于相同数量的SNP，该微单倍型组合可作为4个中国地方鸭品种鉴定的分子标记。本研究成功基于简化基因组数据挖掘出用于鸭品种鉴定的微单倍型，也为其他畜牧动物的分子鉴定提供了新思路。
关键词：微单倍型;鸭品种鉴定;分子标记
