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作者：杨坤;安瑞;杨雪梅;顾以韧;陈晓晖;吕学斌;
单位：四川省畜牧科学研究院动物遗传育种四川省重点实验室;
摘要：本研究旨在分析川乡黑猪重要经济性状因果突变和紧密关联SNP位点基因型分布情况，构建川乡黑猪分子系谱。利用全基因组SNP芯片技术对样本进行扫描分析，通过主成分分析、计算遗传距离、ROH分析等对公猪亲缘关系和血统进行划分，解析川乡黑猪的群体结构和遗传多样性。结果显示：川乡黑猪群体中采食量、氟烷（Hal）基因和酸肉基因2(RN2)已完全剔除非优势基因q；体长基因无QQ基因型和Qq杂合基因型，qq非优势基因型频率达100%；抗仔猪腹泻和多胸椎数基因Qq、qq基因型总比例分别为18.07%和26.10%，其中qq基因型比例为3.21%和2.01%；公猪精液品质和酸肉基因1(RN1)的Qq、qq基因型总比例较高，分别为45.78%和34.54%，并且Qq基因型比例均超过30%；多肋骨数和耗料增重比基因中优势基因型QQ比例只有18.47%和47.79%，低于50%。公猪群体主成分分析和聚类分析结果显示，该群体可被划分为16个不同的家系。以上结果表明，川乡黑猪的选育可着重于提高抗仔猪腹泻、多胸椎数、多肋骨数、公猪精液品质、酸肉和耗料增重比等基因的优势基因型频率，并结合亲缘关系和家系划分结果，通过分子标记辅助选择技术进一步优化种群结构。
关键词：川乡黑猪;经济性状;SNP;分子系谱
基金资助：国家重点研发项目（2021YFD1301101、2021YFD 1301104）; 四川省重大科技专项（2021ZDZX0011、2021ZD ZX0008）; 国家自然科学基金区域创新发展项目（U19A2036）; 四川省重点研发项目（2023YFN0088、2021YFYZ0030、2021YFYZ0009、2020YFN0147、2022YFN0047）; 国家现代农业产业技术体系（CARS-35）; 现代农业产业技术体系四川生猪创新团队（sccxtd-2023-08）; 四川省财政专项（
