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作者：文静静;郭小萍;吐尔逊江;纳进程;陈秋明;
单位：新疆农业大学动物科学学院;新疆伊犁哈萨克自治州畜牧总站;
摘要：本研究采集阿勒泰白头牛（20头）、哈萨克牛（30头）、新疆蒙古牛（19头）及培育品种新疆褐牛（47头）的mtDNA全基因组数据，并以蒙古国蒙古牛（8头）和内蒙古蒙古牛（13头）为对照，采用Trimmomatic、BWA、Samtools、Picard、MIA等软件对数据进行质控、比对、去重及mtDNA组装，获得各品种mtDNA全序列。分析显示，新疆4个牛品种共检测到71种单倍型和1 392个多态位点，单倍型多样度（Hd±SD）为0.991±0.002，核苷酸多样度（π±SD）为0.005 6±0.000 4。其中，新疆蒙古牛核苷酸多样度最高，其次为阿勒泰白头牛和哈萨克牛，新疆褐牛作为培育品种遗传多样性最低。与周边2个牛品种相比，新疆牛母系遗传多样性相对匮乏，后者共检测到13种单倍型且核苷酸多样度更高。碱基组成分析表明，所有品种A+T含量均超过60%，呈现明显偏倚性。利用MEGA分析遗传多样性并构建ML系统发育树，通过iTOL可视化结合Network绘制单倍型网络图，揭示新疆牛和周边牛均分为普通牛T支系（84.67%）和瘤牛I支系（15.33%），其中新疆牛包含T1-T5、Q及I1a共7个支系，以T3支系为主（57.76%），瘤牛支系占比15.52%；周边牛含T2、T3、T4和I1共4个支系。新疆牛中，瘤牛支系比例以新疆蒙古牛最高，哈萨克牛和阿勒泰白头牛次之，新疆褐牛最少。基于线粒体全基因组母系遗传特征的系统进化分析与遗传多样性研究，不仅能够揭示新疆牛群体的遗传背景与分化历史，更为该地区牛种质资源的科学保护与合理利用奠定了重要的分子遗传学基础。
关键词：新疆牛品种;;线粒体基因组;;遗传多样性
基金资助：2024年自治区现代农业畜禽种业提升计划(新疆褐牛联合育种群体改良项目);; 自治区肉牛产业技术体系新源综合试验站
