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作者：刘涓涓;吴小珉;宋永庆;王祥英;郭靓子;项可霞;栗薇薇;黄进宝;李卫东;
单位：安徽省疾病预防控制中心;合肥市疾病预防控制中心;亳州市疾病预防控制中心;阜阳市疾病预防控制中心;马鞍山市疾病预防控制中心;安徽农业大学茶树生物学与资源利用国家重点实验室;
摘要：为了解安徽省新型冠状病毒（SARS-CoV-2）奥密克戎变异株流行趋势和进化规律，本研究选取了2023年3月至9月安徽省皖北、皖中和皖南地区共计365份本土新冠病毒感染确诊病例，利用高通量测序技术开展SARS-CoV-2全基因组测序。将获得的高质量序列通过Pangolin和Nextclade网站对SARS-CoV-2分型和突变位点进行统计分析。监测期间安徽省不同区域奥密克戎变异株构成存在时间差异：在监测前期到中期，皖北地区优势株由XBB.1.16及其亚分支发展为XBB.1.22及其亚分支；皖中地区由BA.5.2及其亚分支发展为FE.1及其亚分支；而皖南地区由XBB.1.22及其亚分支发展为FE.1及其亚分支，在监测后期不同区域优势株均以EG.5及其亚分支占主导。受到地理文化气候等多因素影响，不同区域的变异株构成也存在空间差异，合肥市和亳州市的奥密克戎变异株亚型相对更多。安徽省不同区域奥密克戎变异株基因组平均核苷酸突变位点数随时间逐渐增加，主要伴随着S蛋白的突变。本研究结合安徽省区域特征分析了奥密克戎变异株的流行特征，为新冠病毒感染防控措施的制定提供重要理论支持。
关键词：新型冠状病毒;;奥密克戎;;全基因组测序;;不同区域
基金资助：2022年度安徽省卫生健康委科研项目(项目号:AHWJ2022b016),题目:基于超分支滚环等温扩增介导荧光偏振双模态新冠病毒精准检测及单碱基变异筛查技术研究;; 安徽省新型冠状病毒肺炎疫情应急科研攻关(项目号:202004a07020004),题目:新型冠状病毒基因分子变异与进化研究;; 安徽农业大学茶树生物学与资源利用国家重点实验室开放基金资助项目(项目号:SKLTOF20200131),题目:EGCG及其氧化产物对新型冠状病毒抑制作用研究~~
