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作者：喻康;戚洋睿;粟硕;
单位：复旦大学上海市重大传染病和生物安全研究院;复旦大学公共卫生学院;
摘要：猪δ冠状病毒（Porcine deltacoronavirus,PDCoV）是一种新兴的肠道致病性冠状病毒，已在全球至少20个国家检出，对家猪具有高致病性，给猪养殖业造成了一定经济损失。PDCoV的刺突蛋白（S蛋白）是病毒入侵宿主细胞的关键分子，也是疫苗设计和抗体药物开发的重要靶点。鉴于S蛋白编码基因具有较高的进化速率，且PDCoV在中国猪群中持续流行，本研究检索了中国PDCoV序列，探索了时间尺度下密码子使用偏好及宿主适应性的动态变化，分析了自然选择、突变压力在病毒适应性进化中的作用。研究发现PDCoV S基因有效密码子数随着年份增加呈现出上升趋势（P<0.001），在持续进化过程中逐渐扩展了密码子多样性，降低了密码子使用偏好的强度。密码子使用偏好影响因素分析发现二核苷酸CpG频率较低（与降低宿主免疫反应相关），这可能通过核酸组成间接影响密码子的偏好性。相比于突变压力，自然选择对密码子使用偏好的影响占据主导地位。通过表征病毒及宿主的密码子偏好性，发现降低GGU、GUU、UCU、CUU、ACU等密码子的使用频率，增加其同义密码子频率可能有利于抗原表达，这可以为诊断试剂和疫苗的开发及优化提供一定线索。选择分析鉴定到了5个正向选择位点，其中3个位于S1亚基的N末端结构域，1个位于S1/S2切割区末端，另外1个位于七肽重复序列2附近，这些突变可能影响病毒的受体结合能力及膜融合过程。
关键词：密码子偏好;;正向选择;;冠状病毒
基金资助：上海市“科技创新行动计划”优秀学术/技术带头人计划项目（项目号：23XD1420700）,题目：新发传染病预测预警与病原生态学研究~~
