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作者:黄立敏;张春丽;孙晋;任松;田红卫;
单位:西安交通大学第二附属医院生物诊断治疗国家地方联合工程中心;西安交通大学第二附属医院普通外科四病区;
摘要:目的:通过在线网站和软件预测人源RNA解旋酶DHX37基因的功能结构域,构建其不同功能结构域缺失载体,并验证构建载体的正确性。方法:以人源DEAH-box解旋酶37(hDHX37)质粒作为模板,基于同源重组克隆技术,应用SnapGene V 6.0. 2软件设计截短体ATP结合结构域(ΔATP binding)、C末端结构域(CTD)、HA2亚基(HA2)和Oligos/Accharide结合折叠域(O/A binding fold)的功能结构域特异性引物;采用高保真DNA聚合酶Prime STAR GXL polymerase进行PCR扩增截短体目的片段ATP binding、 c-terminal-1、 c-terminal-2、 HA2-1、 HA2-2和O/A binding fold;利用重组克隆试剂盒将截短体片段定向克隆至经双酶切的pCMV-MCS-3×HA-Neo空载体;将重组载体转化至大肠杆菌DH5α感受态细胞后,通过限制性内切酶HindⅢ酶切、琼脂糖凝胶电泳和DNA测序验证功能结构域载体的正确性。结果:PCR法扩增的目的片段ATP binding(2 148 bp)、c-terminal-1(1 326 bp)、c-terminal-2(1 269 bp)、HA2-1(2 205 bp)、HA2-2(894 bp)和O/A binding(2 583 bp)长度与设计一致;HindⅢ单酶切突变质粒ΔATP binding、Δc-terminal、ΔHA2和ΔO/A binding fold,得到线性化DNA片段,长度分别为8 939、7 589、8 036、8 540和8 027 bp,产物条带大小均与设计相符。DNA测序Blast对比分析,ΔATP binding缺失ATP binding结构域(1~442)、Δc-terminal缺失c-terminal结构域(443~735)、ΔHA2缺失HA2结构域(736~861)和ΔO/A binding fold缺失O/A binding fold结构域(862~1 158),分别缺失1 326、879、375和891 bp,各突变质粒缺失的结构域位置和长度与设计完全一致。结论:成功构建hDHX37基因的ΔATP binding、Δc-terminal、ΔHA2和ΔO/A binding fold 4个不同功能结构域载体。
关键词:DEAH-box解旋酶37;;功能结构域载体;;重组克隆;;限制性酶切;;聚合酶链式反应
基金资助:国家自然科学基金项目(81802456);; 陕西省科技厅自然科学基金面上项目(2024JC-YBMS-691)