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作者：刘玉婷;喻莹;黎桂珍;史沁雪;李彬彬;
单位：广东医科大学基础医学院病理生理学教研室;广东医科大学第二临床医学院;
摘要：目的：基于生物信息学方法分析富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9 (SRSF9)在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的表达情况、临床意义以及与肿瘤免疫浸润的关系，并探讨其作用机制。方法：利用癌症基因图谱（TCGA）数据库、基因表达综合（GEO）数据库中GSE30784和GSE13601数据集、临床蛋白质组学肿瘤分析联盟（CPTAC）数据库、基因表达交互分析（GEPIA）数据库和Kaplan-Meier plotter数据库分析SRSF9在HNSCC中的表达及与患者临床病理特征和预后的关系；利用cBioPortal数据库分析SRSF9基因变异情况；应用ESTIMATE算法和肿瘤免疫估计资源（TIMER）数据库评估SRSF9表达与肿瘤微环境和肿瘤免疫细胞浸润的关系；利用LinkedOmics数据库分析SRSF9在HNSCC中的共表达基因及其调控通路；基于TCGA SpliceSeq数据库分析HNSCC中SRSF9调控的可变剪接事件，并对靶基因进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析。结果：TCGA数据库、 GEO数据库中GSE30784和GSE13601数据集分析，HNSCC组织中SRSF9 mRNA表达水平较癌旁正常组织明显升高（P<0.01）;CPTAC数据库分析，与正常组织比较，HNSCC组织中SRSF9蛋白表达水平明显升高（P<0.001）。TCGA数据库分析，SRSF9 mRNA表达与HNSCC患者病理分级（P=0.004）和HPV感染（P=0.031）有关联。GEPIA和Kaplan-Meier plotter数据库分析，HNSCC组织中SRSF9 mRNA高表达均与患者总生存期（OS）较差相关[风险比（HR）=1.40,P=0.019;HR=1.55,P=0.003]。cBioPortal数据库分析，HNSCC中SRSF9基因拷贝数变异（CNV）占26.85%，其CNV与SRSF9mRNA表达水平呈正相关关系（r=0.44,P<0.001）。ESTIMATE算法分析，SRSF9 mRNA高表达组基质评分和免疫评分均较SRSF9 mRNA低表达组低（P<0.001），肿瘤纯度则高于SRSF9 mRNA低表达组（P<0.001）。TIMER数据库分析，SRSF9 mRNA表达水平与CD4+T淋巴细胞浸润呈正相关关系（r=0.186,P<0.001），而与B淋巴细胞、CD8+T淋巴细胞和树突状细胞浸润呈负相关关系（r=-0.269,P<0.001;r=-0.353,P<0.001;r=-0.304,P<0.001）。SRSF9共表达基因富集分析，核糖体、剪接体和代谢通路等相关基因上调，而黏着斑、细胞因子和细胞黏附分子等相关基因下调。SRSF9相关可变剪接靶基因主要涉及脂类代谢、胰高血糖素和紧密连接等通路。结论：SRSF9在HNSCC中呈高表达，且与患者预后不良和肿瘤微环境免疫细胞浸润相关，可成为HNSCC诊断、预后评估和治疗的潜在分子靶标。
关键词：头颈部;;鳞状细胞癌;;富含丝氨酸/精氨酸剪接因子9;;可变剪接;;肿瘤免疫;;生物信息学
基金资助：国家自然科学基金项目（81502411）;; 广东省科技厅自然科学基金项目（2023A1515010448）;; 广东省东莞市科技局社会发展科技重点项目（20231800936042）;; 广东医科大学大学生创新实验项目（ZYDS004）
