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吉林大学学报(医学版)2024年第02期:基于TCGA数据库筛选与三阴型乳腺癌预后相关的miRNAs及其基因网络

来源:期刊VIP网 时间:


作者:宋玥莹;高超;陈文俊;邵艾彧;乔乙春;李卓林;

单位:吉林省长春市疾病预防控制中心学校卫生与学生常见病防治所;吉林大学公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室;

摘要:目的:筛选与三阴型乳腺癌(TNBC)预后相关的关键微小RNA (miRNAs)及其靶基因,探讨其参与调控的生物学功能和信号通路,为TNBC患者预后标志物的筛选提供理论依据。方法:基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库筛选TNBC患者与非TNBC患者差异表达miRNAs,通过生存分析明确与患者预后相关的miRNAs。利用miRDB和miRWalk3.0在线数据库筛选miRNAs的靶基因,Cytoscape 3.8. 2软件明确miRNA-信使核糖核酸(mRNA)调控网络,利用R软件limma数据包筛选TNBC患者与非TNBC患者差异表达miRNAs,利用R软件clusterProfiler包分析靶基因参与的生物学功能和通路。结果:生存分析,miR-9、miR-17、miR-31、miR-146a、miR-188和miR-190b与TNBC患者的预后有关,且上述miRNAs表达量越低,TNBC患者预后越差。筛选出受这6种miRNAs调控的靶基因224个。基因本体论(GO)功能富集分析,靶基因主要参与乳腺腺泡的发育、DNA转录的正向调控以及血管生成等功能;京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,靶基因主要富集在细胞因子-细胞因子受体相互作用以及胰岛素分泌信号等通路。网络分析,miR-9、miR-17、溶质载体家族24成员2 (SLC24A2)、vav鸟苷酸交换因子3(VAV3)、三部结构域含有36 (TRIM36)、突触标记素1 (SYT1)、富勒林和Sec7结构域含有3 (PSD3)、过氧化物酶体增殖物活化受体α (PPARA)、RNA聚合酶Ⅲ亚基G (POLR3G)、多形性腺瘤基因1 (PLAG1)、泛素相关和SH3结构域含有B (UBASH3B)及SH3结构域和四重肽重复2 (SH3TC2)是调控网络中的关键基因,其中miR-9-SYT1、miR-9-KIF13B、miR-9-KITLG、miR-17-SLC24A2、miR-31-SLC24A2、miR-146a-SYT1、miR-146a-KIF13B、miR-188-SLC24A2和miR-188-SLC24A2的miRNA-mRNA相互作用最为密切。结论:miR-9、miR-17、miR-31、miR-146a、miR-188和miR-190b及其靶基因参与乳腺腺泡发育和血管生成等生理过程,与TNBC患者的不良预后密切相关。

关键词:三阴型乳腺癌;;微小核糖核酸;;预后;;调控网络;;靶基因

基金资助:国家自然科学基金项目(81702606);; 吉林大学白求恩计划项目(2020B16)