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作者：申依灵;张犇;胡潘阳;余彤;柏峻;韩雪蕾;王克君;李秀领;杨峰;李新建;李改英;乔瑞敏;
单位：河南农业大学动物科技学院;
摘要：本研究旨在分析高低产代表性中国地方猪种的群体遗传结构，筛选与繁殖性状相关的关键基因。下载了8个中国地方猪种包括4个高产猪种67头（梅山猪20头、大花白猪16头、二花脸猪20头、姜曲海猪11头）和4个低产猪种61头（香猪13头、内江猪16头、五指山猪16头、明光小耳猪16头）个体的Illumina60K芯片数据。对质控后的数据进行了主成分分析、群体结构分析、基因组选择信号分析和候选基因功能富集分析。主成分PC1将低产组聚集到了一类，高产组（二花脸猪、姜曲海猪、内江猪）聚集为另一类。通过Fst和XP-CLR分析在1、6、8、13、14号染色体上检测到了高低产组之间的差异选择信号，2种分析方法显著SNP位点的上下游500 kb重叠区域内的基因富集到了50条显著信号通路。结合查阅文献筛选了显著信号通路中的基因SPAM1、GSTM3、FGFR1、OXT、DHCR24、SOX9和FGF10可能是影响4个高产地方猪种梅山猪、大花白猪、二花脸猪、姜曲海猪和4个低产猪种香猪、内江猪、五指山猪、明光小耳猪之间繁殖性状差异的关键重要基因，研究结果有助于进一步揭示猪繁殖性状的遗传基础。
关键词：中国地方猪;;60K SNP芯片数据;;群体遗传结构;;选择信号;;繁殖性状
基金资助：河南省农业良种联合攻关项目“生猪种质创制及新品种培育”（2002020201）;; 河南农业大学高等教育教学改革研究与实践重点项目（2024XJGLX016）
