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作者：孙国欣;李蕴华;李宏政;刘治男;刘占虎;苏日格;雷刚;姜力虎;赵艳红;刘佳森;
单位：内蒙古自治区农牧业科学院畜牧研究所;内蒙古农业大学动物科学学院;内蒙古草绿农业科技发展有限责任公司;
摘要：本研究旨在通过全基因组关联分析挖掘与湖羊生长繁殖性状相关的候选基因及位点。采集鄂尔多斯某畜牧场的湖羊个体共396只的血样提取DNA，基于Ovine illumina 50K SNP(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)芯片进行基因分型，根据湖羊个体记录的初生重、断乳重、断奶前平均日增重、产羔数的表型信息，通过R包GAPIT的GLM、MLM、FarmCPU、BLINK模型进行全基因组关联分析。根据得到的显著SNP基于Oar＿v4.0绵羊参考基因组进行基因注释，通过GO-KEGG富集分析、NCBI数据库以及查找文献对候选基因进行功能注释。结果发现，对于绵羊的复杂数量性状多位点模型FarmCPU、BLINK比单位点模型GLM、MLM具有更高的检测灵敏度。多个模型共挖掘到2个基因组潜在显著水平与初生重相关的SNP位点，2个基因组潜在显著水平与断乳重相关的SNP位点，8个基因组潜在显著水平与平均日增重相关的SNP位点，8个基因组显著水平与平均日增重相关的SNP位点，1个基因组潜在显著水平与产羔数相关的SNP位点，同时上述位点均达到染色体显著水平。经过基因注释，共发现26个可能与湖羊生长繁殖性状相关的候选基因，富集分析和功能注释发现RASA2、KCNJ6、ESPL1、ITGB7、CSAD、PCDH15、CNN1、ZNF704、ELOF1、ZNF653可作为影响湖羊平均日增重的候选基因，ST6GAL2可作为影响湖羊初生重的候选基因，LAMA2可作为影响湖羊产羔数的候选基因。本研究发现了部分与湖羊生长繁殖相关的候选基因，对提升湖羊品种选育效率、优化绵羊品种选育方法提供了一定的理论依据和技术支撑。
关键词：全基因组关联分析;;湖羊;;生长性状;;繁殖性状;;候选基因
基金资助：内蒙古科技计划项目（2023YFHH0076）;; 内蒙古自治区农牧业创新基金项目（2022CXJJM01）
