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作者：李瑞哲;魏旭东;陈生梅;马志杰;
单位：青海大学畜牧兽医科学院,青海省高原家畜遗传资源保护与创新利用重点实验室,农业农村部青藏高原畜禽遗传育种重点实验室;
摘要：为探究柴达木牛线粒体基因组插入/缺失变异，对60头柴达木牛进行了基因组重测序，采用MIA软件提取其线粒体基因组全序列，并采用BioEdit、DnaSP、MEGA等生物信息学软件进行了序列比对分析。结果表明：(1)柴达木牛线粒体基因组序列长度为16 338～16 342 bp,A+T含量和G+C含量分别为60.58%～60.63%和39.37%～39.46%；(2)经与普通牛参考序列（NCBI登录号：AY526085）比对分析，共确定了11个插入/缺失位点，其中7个位点位于D-loop区（m.215＿216insC、m.215＿216insTCC、m.351＿352insC、m.16143delA、m.16200＿16201insA、m.16338＿1insG/T）,1个位于12S rRNA区域（m.583＿584insC）,3个位点位于16S rRNA区域（m.1593＿1594insA、m.1594delA和m.2678＿2679insT）；依据序列间核苷酸插入/缺失变异，共确定了14种单倍型；(3)系统发育分析表明：柴达木牛拥有普通牛和瘤牛2个支系，普通牛支系占比为90%，瘤牛支系占比为10%，其中，m.16143delA和m.16200＿16201insA 2个插入/缺失变异位点可作为区分柴达木牛品种内普通牛和瘤牛血统差异的候选标记位点。本文全面分析了柴达木牛线粒体基因组插入/缺失变异情况，为进一步研究柴达木牛线粒体基因组插入/缺失变异的功能奠定了基础。
关键词：柴达木牛;;线粒体;;基因组;;插入/缺失
基金资助：青海省科技厅项目（2021-ZJ-914）;; 2021年度青海省“昆仑英才·高端创新创业人才”项目;; 第三次全国畜禽遗传资源普查项目
