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作者：肖俊;李镇养;赵继念;刘永超;阳林芳;刘小红;陈瑶生;曾检华;
单位：广东壹号食品股份有限公司,广东壹号地方猪研究院有限公司,广东省地方猪资源保护与利用企业重点实验室;广东艾佩克科技有限公司;中山大学生命科学学院;
摘要：本研究旨在通过SNP芯片技术在全基因组水平上对乡下黑猪群体遗传多样性和遗传结构进行分析，为有效利用乡下黑猪资源提供支撑。试验采用多种分析软件（Plink、SNeP和GCTA等）研究960头成年乡下黑猪（50头公猪、910头母猪）群体的遗传多样性、亲缘关系、家系结构和近交程度。结果表明：乡下黑猪共检测到50 904个SNP位点，基因组有效等位基因数为1.640 3±0.001 3，多态信息含量均值为0.271 4±0.113 0，多态性标记比例为0.936，观测杂合度为0.369，期望杂合度为0.357；主成分分析（Principal Component Analysis,PCA）表明种群无明显分层，遗传距离为0.284 8±0.018，亲缘系数为0.018 3，基于IBS距离矩阵结果使用邻接法（Neighbor-Joining,NJ）将整个群体分为11个公猪家系；共检测到8 493个长纯合片段（Runs of Homozygosity,ROH），群体基于ROH的平均近交系数为0.042 9±0.021 7，其中公猪平均近交系数为0.042 6±0.020 0。研究表明乡下黑猪具有丰富的遗传多样性、近交程度低、家系充足，可以满足选育需求。
关键词：乡下黑猪;;遗传多样性;;SNP芯片;;亲缘关系;;家系结构
基金资助：国家重点研发计划（2021YFD1301104）;; 广东省乡村振兴战略专项种业振兴行动项目（2024-440000-87020100-8794）;; 财政部和农业农村部：国家现代农业产业技术体系资助
